Di samping kebaikan, terdapat juga beberapa kelemahan penggunaan aplikasi Edmodo, Leanrboost dan Schoology sebagai sistem pengurusan pembelajaran. Edmodo misalnya, tidak mempunyai ciri chat dan juga blog. Ia juga sukar digunakan oleh pelajar yang muda mahupun yang berada di sekolah menengah kerana sistemnya yang tidak begitu sistematik dan teratur. Penggunaan Edmodo juga tidak dapat membantu guru untuk mengesan sama ada seseorang individu itu adalah betul-betul pelajar kelasnya. Pelajar juga mungkin boleh membuka akaun sebagai guru dan mengajak rakannya untuk menyertainya sebagai pelajar. Guru dan pelajar juga harus berwaspada andai kata ada orang yang cuba memuat naik bahan yang tidak sesuai dengan isi pembelajaran dan juga scam. 
Antara kelemahan Schoology pula adalah pelajar perlu mengemaskini status setiap masa. Adakalanya pelajar berpotensi salah faham terhadap apa yang dimuat naik oleh guru terutamanya soalan yang melibatkan perbincangan. Kehendak guru bagi soalan yang dikemukakan oleh guru mungkin berbeza berbanding apa yang ditafsir oleh pelajar. Selain itu, pembaziran masa banyak berlaku disebabkan oleh aplikasi add-on. Pelajar juga berkemungkinan menggunakan bahasa yang kurang sopan mahupun kurang sesuai semasa perbincangan dan memuat naik bahan mahupun gambar yang tidak relevan.
Kekurangan yang ada pada aplikasi Learnboost adalah lebih kurang sama dengan Schoology. Bezanya, melalui aplikasi Learnboost, pelajar tidak dapat memuat naik gambarnya dan memilih latar belakang menarik seperti yang terdapat pada Schoology. Walaupun Learnboost ini mempunyai ciri penting seperti kehadiran pelajar namun, pembelajaran menggunakan Learnboost adalah juga bertujuan untuk membantu pelajar yang tidak dapat hadir di dalam kelas. Jadi, objektif guru memastikan kehadiran setiap pelajar hadir semasa kelas sukar dicapai.
Antara ketiga-tiganya, Schoology lebih sesuai digunakan oleh guru dan pelajar di pelbagai peringkat umur. Ini disebabkan ia mudah difahami dengan pengurusan yang lebih sistematik dan mempunyai ciri seolah-olah berada dalam kelas yang sebenar. Tambahan pula, ia memudahkan guru dalam proses pengajaran termasuklah memuat naik tugasan, nota dan kuiz. Guru dan pelajar haruslah memanfaatkan sepenuhnya ciri yang ada dalam sistem pembelajaran seperti apikasiSchoology ini. Walau bagaimanapun, aplikasi seperti Edmodo dan Learnboost juga boleh digunakan oleh guru mengikut kesesuaian dan keselesaan. Namun, guru dan pelajar juga harus sedar akan keburukannya dan sentiasa bersedia menghadapi apa jua kemungkinan yang timbul. 
Apatah lagi, ketiga-tiga aplikasi ini juga mempunyai beberapa kelemahan yang sama. Antaranya ialah pelajar yang tidak mempunyai kemahiran dalam bidang teknologi dan maklumat kerana sukar untuk menyesuaikan diri dan pembelajaran akan menjadi kurang berkesan. Selain itu, ketiga-tiga aplikasi ini memerlukan kemudahan dan jaringan internet yang menyeluruh dan aktif. Selain itu, ia memerlukan kesedaran pelajar untuk terlibat secara aktif dalam pembelajaran di mana pelajar ada kalanya tidak semua pelajar memberikan komitmen terutamanya semasa perbincangan. Ia juga tidak dapat digunakan secara menyeluruh kerana tidak semua pelajar memiliki komputer terutamanya di kawasan pedalaman dan luar bandar.
